Mẹ của cô phụ thuộc vào ý kiến của Grigori Rasputin, một người xuất thân nông dân và được cho là “thánh nhân”. Lời cầu nguyện của ông rất được tin tưởng khi cứu sống Tsarevich rất nhiều lần. Anastasia và các anh chị em được dạy phải coi Rasputin như “một người bạn” và phải tin tưởng vào ông. Vào mùa thu năm 1907, dì của Anastasia là Nữ Đại vương công Olga Alexandrovna của Nga đã được hộ tống đến nhà trẻ bởi Sa hoàng để gặp Rasputin. Anastasia, các chị em gái và đứa em trai, Alexei đều mặc áo ngủ dài màu trắng. “Tất cả bọn trẻ đều có vẻ thích ông ta”, Nữ Công tước kể lại. “Chúng hoàn toàn thoải mái bên ông ấy.” Tình bạn giữa Rasputin và những đứa trẻ hoàng tộc đã được minh chứng trong một số các tin nhắn ông gửi cho lũ trẻ. Vào tháng 2, năm 1909, Rasputin gửi chúng một bức điện tín, khuyên chúng “yêu thiên nhiên của Chúa trời, toàn bộ sản phẩm của Ngài cụ thể là thế giới này. Đức mẹ của Chúa đã luôn hiện hữu với hoa thơm và việc thêu thùa.”

Tuy nhiên, một trong số các cô bé, Sofia Ivanovna Tyutcheva, đã sợ hãi ở năm 1910 về việc Rasputin được phép vào nhà trẻ khi bốn cô gái đang mặc đồ ngủ và muốn ông ta không được vào. Nicholas đã từng bảo Rasputin tránh vào nhà trẻ trong tương lai. Những đứa trẻ này đều biết sự căng thẳng giữa hai người và sợ rằng mẹ của chúng sẽ tức giận khi biết được hành động của Tyutcheva. “Con sợ rằng S.I (cô giáo Sofia Ivanovna Tyutcheva) có thể nói... gì đó xấu về người bạn của chúng ta,” Tatiana, chị gái 12 tuổi của Anastasia, viết thư cho mẹ vào ngày 8, tháng 3 năm 1910. “Con hy vọng cô bảo mẫu sẽ đối xử tốt với bạn của chúng ta từ nay.”

Tyutcheva cuối cũng cũng bị cho thôi việc. Cô mang câu chuyện của mình kể cho các thành viên khác trong gia đình. Trong khi các chuyến thăm của Rasputin, theo tất cả nguồn tin, là hoàn toàn lương thiện, cả gia đình đều cảm thấy khó chịu. Tyutcheva kể với chị gái của Nicholas, Nữ Đại vương công Xenia, rằng Rasputin đến thăm các cô bé, nói chuyện với chúng trước khi đi ngủ, và ông ta còn ôm và xoa đầu bọn trẻ. Tyutcheva nói rằng những đứa trẻ đã được dạy không được nói về Rasputin với bà và phải giấu những chuyện thăm này khỏi những bảo mẫu một cách cẩn thận. Xenia viết vào ngày 15 tháng 3 năm 1910 rằng cô không thể hiểu được “... thái độ của Alix và những đứa trẻ đối với tên Grigory nham hiểm đó (người mà họ coi là vị thánh trong khi hắn chỉ là một tên theo giáo phái Khlysty!)”.

Vào mùa xuân năm 1910, Maria Ivanovna Vishnyakova, một giáo viên hoàng tộc, khẳng định rằng Rasputin đã hãm hiếp bà. Vishnyakova nói rằng Hoàng hậu đã không tin những lời báo cáo về vụ cưỡng hiếp, và khăng khăng rằng “mọi thứ Rasputin làm là linh thiêng.” Nữ Đại vương công Olga Alexandrovna đã nói rằng lời khẳng định của Vishnyakova đã được điều tra ngay lập tức, nhưng thay vào đó “họ bắt được người phụ nữ trẻ chung giống với một người Kazakh của Cấm vệ quân.” Vishnyakova đã bị ngăn cấm gặp Rasputin sau khi đưa ra lời buộc tội trên và sau đó đã bị từ chức vào năm 1913.

Tuy nhiên, các tin đồn vẫn lan truyền và sau đó xã hội bảo nhau rằng Rasputin không chỉ mê hoặc Hoàng hậu mà còn cả bốn Đại vương công trẻ. Những lời bàn tán còn thêm thắt bởi bức thư, mặc dù vô hại, viết cho Rasputin bởi Hoàng hậu và bốn nữ đại công tức mà được phát tán bởi Rasputin và sau đó truyền trong khắp xã hội. “Người bạn quý già, thân yêu của tôi,” Anastasia viết. “Tôi thích gặp lại bạn biết nhường nào. Bạn đến với tôi trong giác mơ hôm nay. Tôi đã luôn hỏi mẹ rằng khi nào bạn tới... Tôi luôn nghĩ về bạn thân yêu của tôi, vì bạn thật tốt bụng...”

Tiếp nối bức thư là sự lan truyền về một đoạn hoạt hình khiêu dâm mô tả Rasputin có quan hệ với Hoàng hậu, bốn nữ Đại vương công và Anna Vyrubova, bạn thân của Hoàng hậu. Sau vụ bê bối, Nicholas ra lệnh cho Rasputin rời Sankt-Peterburg một thời gian, một điều khiến cho Alexandra rất không hài lòng. Rasputin sau đó bắt đầu chuyến đi đến Palestine và mặc dù có các tin đồn như vậy, gia đình hoàng tộc vẫn tiếp tục mối quan hệ với Rasputin cho đến vụ ám sát của ông vào ngày 17 tháng 12 năm 1916. “Người bạn của chúng tôi rất hài lòng với các cô con gái, nói rằng chúng đã trải quả “các giai đoạn” khó khăn trong tầm tuổi của chúng và linh hồn đã phát triển rất nhiều”, Alexandra viết cho Nicholas vào ngày 6 tháng 12 năm 1916.

Trong hồi ký của mình, A. A. Mordvinov ghi lại rằng bốn nữ Đại vương công có vẻ “ớn lạnh và buồn một cách tồi tệ” trước cái chết của Rasputin và ngồi “túm tụm gần nhau” trên ghế sofa trong phòng ngủ vào đêm nhận tin đó. Mordvinov kể rằng những những người phụ nữ trẻ này trong tâm trạng buồn bã và có thẻ nhận thấy biến động chính trị đang sắp ập đến. Rasputin đã được chôn cất với biểu tượng được ký đằng sau bởi Anastasia, mẹ và các chị em. Cô tham dự đám tang của ông vào ngày 21 tháng 12 năm 1916, và gia đình của cô dự định xây một nhà thờ gần mộ của Rasputin. Sau khi họ bị giết bởi thành viên của phe Bolshevik, Anatasia và các chị em của cô đã được phát hiện đang đeo bùa hộ mệnh có ảnh Rasputin và lời cầu nguyện.